W latach 90. współpracował m.in. z Januszem Bryczkowskim, Bohdanem Porębą, Stanisławem Skalskim i Leszkiem Bublem. W wyborach do Sejmu w 1993 bez powodzenia kandydował do Sejmu (otrzymał 24 480 głosów), a kierowana przez niego lista „Samoobrona-Leppera” uzyskała 2,78% głosów (3,35% głosów w 44 okręgach, w których zarejestrowała listy). Dwa lata później kandydował w wyborach prezydenckich, zdobywając 1,32% poparcia. W wyborach parlamentarnych w 1997 Przymierze Samoobrona uzyskało 0,08% głosów (posiadając listy zarejestrowane w 16 okręgach), a sam Andrzej Lepper bez powodzenia ubiegał się w województwie koszalińskim o mandat senatora, uzyskując 26 614 głosów (zajął czwarte miejsce spośród dziesięciu kandydatów). Kandydując w kolejnych wyborach prezydenckich w 2000, Andrzej Lepper otrzymał poparcie na poziomie 3,05%.

W latach 1998–2001 był radnym sejmiku zachodniopomorskiego I kadencji z listy Przymierza Społecznego. W 1999 został przewodniczącym międzyzwiązkowego komitetu protestacyjnego (ZZR „Samoobrona”, KZRKiOR, Niezależny Samorządny Związek Zawodowy Rolników Indywidualnych „Solidarność”), który do 2001 prowadził akcje protestacyjne przeciwko rządowi Jerzego Buzka.