Maria Kalergis wywarła istotny wpływ na rozwój kultury muzycznej w Warszawie. Przyczyniła się do otwarcia Instytutu Muzycznego w Warszawie (późniejszego Konserwatorium), była współzałożycielką (m.in. obok Stanisława Moniuszki) warszawskiego Towarzystwa Muzycznego, zawiązku późniejszej Filharmonii Warszawskiej.
Jan Kalergis zapewnił Marii dostatnie życie. Po rozstaniu z nim miała do swojej dyspozycji spory jak na owe czasy majątek, umożliwiający jej podróżowanie po całej Europie (mieszkała m.in. w Petersburgu, Warszawie, Paryżu, Baden-Baden). W latach 1857–1871 wielokrotnie występowała jako pianistka.
Po śmierci męża w 1863 roku wyszła za mąż za młodszego od niej o 10 lat Siergieja Muchanowa, dyrektora rządowych teatrów warszawskich. Był on przy niej w ciężkich chwilach choroby i z oddaniem pielęgnował ją do ostatnich dni. Najprawdopodobniej wtedy, czując nadchodzący kres życia, Maria zniszczyła posiadaną korespondencję. Zachowały się natomiast listy pisane przez nią do córki, zięcia, przyjaciół. Pozwalają one zrekonstruować wiele faktów dotyczących jej biografii, są również źródłem wiedzy o epoce. Pochowana została na cmentarzu Powązkowskim (Aleja Katakumbowa, grób 20/21). Wnuk Marii Kalergis, hr. Jan Henryk Maria Coudenhove, rozszerzył za zezwoleniem cesarza Franciszka Józefa nazwisko na Coudenhove-Calergi.