W sezonie 1999/2000 Paulista na zasadzie wypożyczenia powrócił do Middlesbrough, a na dwa kolejne sezony został wypożyczony do CR Vasco da Gama, gdzie grał między innymi u boku Juninho Pernambucano. Razem z Vasco wywalczył tytuł mistrza Brazylii oraz zwyciężył w Copa Mercosur. Podczas rozgrywek 2002 Juninho Paulista był zawodnikiem CR Flamengo. W czternastu ligowych pojedynkach zdobył dla niego czternaście bramek, a następnie po raz trzeci w karierze odszedł do Middlesbrough. W sezonie 2003/2004 stworzył linię pomocy wspólnie z Georgiem Boatengiem, Boudewijnem Zendenem oraz Gaizką Mendietą, razem z drużyną zajął jedenaste miejsce w Premier League i z dziewięcioma trafieniami na koncie został najlepszym strzelcem zespołu.
W 2004 roku Brazylijczyk odszedł za darmo do Celticu i zadebiutował w derbach Glasgow przeciwko Rangersom. W ekipie „The Boys” rozegrał jednak tylko czternaście spotkań w Scottish Premier League i stwierdził, że trener Martin O’Neill nie dał mu szansy pokazania swoich umiejętności. Po zakończeniu sezonu 2004/2005 Juninho powrócił do kraju i podpisał kontrakt z SE Palmeiras. Przez dwa lata wystąpił w 65 meczach i zdobył 22 gole, a następnie został graczem Flamengo.