W 2150 roku zdecydowano, że jego dowódcą – w hołdzie zmarłemu - zostanie Jonathan Archer.

Pierwszą misją Enterprise było odwiezienie Klingona Klaanga na jego rodzimą planetę Kronosa. Z tego powodu statek został wcześniej niż planowano wypuszczony z doku – 16 kwietnia 2151 roku – lecz miał zaraz po tym powrócić na Ziemię. Misje skomplikowało to, że Klaang został porwany. Mimo sprzeciwu nowego pierwszego oficera – T’Pol, Archer postanowił odszukać porywaczy i odbić Klanga. Trafił najpierw na planetę Rigel IX, gdzie dowiedział się m.in. że w sprawę zamieszani są ludzie z przyszłości, a porwanie jest wynikiem konfliktu zbrojnego nazywanego zimną wojną temporalną. Następnie śledząc statki Sulibanów trafiają do mgławicy spiralnej, gdzie przytrzymywany jest Klaang. Nawiązuje się tam walka Archera Silikiem – przywódcą Sulibanów. Jednak dzięki swoim genetycznym ulepszeniom Silik pokonuje Archera, który zostaje przetransportowany na „Enterprise” w ostatniej chwili przed oddaniem strzału przez Silika.

Mimo znacznych przeszkód, Archerowi udało się odnaleźć Kilngona i odwieźć go do domu. Po zakończeniu misji Dowództwo Floty, zachęcone sukcesem uznało, że nie warto zawracać „Enterprise”.