W wyborach w 2002, 2003 i 2006 kierowany przez niego Apel Chrześcijańsko-Demokratyczny zajmował każdorazowo pierwsze miejsce, co pozwoliło Janowi Peterowi Balkenende obejmować urząd premiera i tworzyć kolejne rządy. Pierwszy z nich powstał 22 lipca 2002, koalicję zawiązały CDA, Lista Pima Fortuyna (LPF) i Partia Ludowa na rzecz Wolności i Demokracji (VVD). Problemy z populistyczną LPF doprowadziły do przedterminowych wyborów po niespełna roku, 27 maja 2003 lider CDA stanął na czele drugiego rządu współtworzonego również przez VVD oraz przez Demokratów 66 (D66). 30 czerwca 2006 podał się do dymisji z powodu rozpadu koalicji rządowej, a 7 lipca tegoż roku powołał swój trzeci, tym razem mniejszościowy, rząd z udziałem CDA i VVD. Po przedterminowych wyborach w tym samym roku stanął na czele koalicji CDA, Partii Pracy (PvdA) i ChristenUnie (CU), rozpoczynając urzędowanie 22 lutego 2007. 20 lutego 2010 w związku z kryzysem rządowym, spowodowanym udziałem wojska holenderskiego w misji w Afganistanie, PvdA wystąpiła z koalicji.