W 1662 roku wybuchło powstanie Baszkirów (powstanie baszkirskie 1662-64) niezadowolonych z oszustw ze strony Rosjan, którzy kupili ziemię i nadużyciami urzędników przy poborze jasaka. Kungur, który w tym czasie, według różnych źródeł, liczył od 58 do 96В. В. Рапп, С. В. Смирнов. Путешествие по Кунгуру и Ледяной пещере. Пермь, 2008. domów, został zdobyty i zniszczony przez Tatarów i Baszkirów 2 sierpnia 1662 roku. Przy życiu zostali tylko ci, którym udało się ukryć w okolicznych lasach i jaskiniach na brzegach Irienia i Syłwy.
Ocaleni mieszkańcy w petycji wysłanej do cara Aleksego Michajłowicza prosili, by jeszcze w tym roku zezwolić im na budowę nowej twierdzy, gdyż z powodu Tatarów i Baszkirów boją się osiedlać, ponieważ w Kungurze nie ma ani ostrogu, ani broni. W odpowiedzi przyszło oficjalne pismo zarządzające by „znaleźć dogodne miejsce i na nim wybudować ostróżek”. W 1663 roku Kungur był założony powtórnie, ale już w nowym miejscu, gdzie znajdowała się wieś Mys lub też Mysowskoje. Z południowej i południowo-wschodniej strony wzgórza, na którym wybudowano miasto, płynął Irień, a z północnej, Syłwa. Wysoki i kręty podjazd stanowił prawdziwą ochronę w przypadku ataku.