Z jego inicjatywy wzniesiono obserwatorium astronomiczne i medresy – tradycyjne w świecie islamu szkoły wyższe.
Od połowy XVI wieku znajdowała się w granicach chanatu bucharskiego. Wraz z utratą rangi stolicy na rzecz Buchary rozpoczął się upadek miasta. Po najeździe wojsk Nadir Szacha w XVIII wieku miasto zostało opuszczone. W 1868 roku zostało zdobyte przez wojska rosyjskie i stało się częścią Rosji. Miasto zostało stolicą obwodu samarkandzkiego. Jego znaczenie wzrosło po wybudowaniu transkaspijskiego szlaku kolejowego, który dotarł do miasta w 1888 roku. W roku 1925 Samarkanda została stolicą Uzbeckiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej. Pięć lat później straciła to miano na rzecz Taszkentu.
Samarkanda była jednym z miejsc zesłań Polaków po powstaniu listopadowym i powstaniu styczniowym. Opisując czasy formowania Armii Andersa, Ksawery Pruszyński napisał o niej opowiadanie „Trębacz z Samarkandy”.
Ważniejsze zabytki Mauzoleum Ruchabad z połowy XIV w.