W trzecim sezonie serialu, w którym załoga „Enterprise” stara się uchronić Ziemię przed zniszczeniem przez rasę Xindich, T'Pol nadal jest oficerem naukowym. Żeby udać się w misję, musiała zrezygnować ze swojej pozycji w służbie Wolkańskiego Dowództwa; mimo nalegań Sovala, zdecydowała się towarzyszyć kapitanowi Archerowi, argumentując, że wciąż potrzebuje on jej pomocy. Po udanej misji Gwiezdna Flota oficjalnie zaoferowała jej stanowisko w swoich szeregach. W czasie krótkiego pobytu na rodzinnej planecie T'Pol dowiaduje się, że w odwecie za jej niesubordynację Najwyższe Dowództwo zmusiło jej matkę do odejścia na emeryturę. Koss oferuje protekcję swej wysoko postawionej rodziny dla T'Les, jeśli T'Pol zrealizuje swe zobowiązanie i poślubi go, jak to ustalono. Pomimo otwarcie zadeklarowanej niechęci do tego małżeństwa, a także więzi łączącej ją z komandorem Tuckerem, T'Pol wyraża w końcu zgodę, by jej matka mogła odzyskać stanowisko (odc. Home). Małżeństwo to zostaje rozwiązane w serii czwartej, po wydarzeniach związanych z odkryciem artefaktu Kir'Shara.