Był kolejno: rektorem seminarium w Salamance (1880-84), redaktorem naczelnym El Mensajero del Corazon de Jesus (Posłańca Serca Jezusowego)(1884) i przełożonym wyższej uczelni w Bilbao (przyszły Uniwersytet Deusto).
Prowincjał Kastylii Jako rektor w Salamance wykazał się zdolnościami organizacyjnymi oraz troską o formację duchową i intelektualną. Skłoniło to generała do mianowania go prowincjałem Kastylii w 1886. Zarządzał prowincją umiejętnie łagodząc podziały polityczne wśród jezuitów, będące odbiciem sytuacji panującej wśród katolików hiszpańskich.
Wikariusz Generalny Generał Anton Anderledy wezwał o. Martína do Rzymu, aby przygotował szkic dokumentu o studiach w Towarzystwie. Na kilka godzin przed śmiercią (1892) Anderledy mianował go Wikariuszem Generalnym Towarzystwa, co oznaczało powierzenie mu obowiązku zwołania i przygotowania Kongregacji Generalnej w celu wyboru nowego Generała. Polityczne napięcie pomiędzy Kościołem a Królestwem Włoch uniemożliwiało zwołanie kongregacji we Włoszech. Martín uzyskał od papieża Leona XIII zgodę aby kongregacja odbyła się w Loyoli (Kraj Basków). Była to jedyna w historii Kongregacja Generalna, która odbyła się poza Włochami.