Poparł utworzenie nowego pisma Razon y Fe (1901). Szczególnie wdzięczni są mu historycy za zainicjowanie (na życzenie KG 24) krytycznego wydawania źródeł do historii Towarzystwa. Publikacja Monumenta Historica Societatis Iesu rozpoczęta w Madrycie w 1894 została następnie przeniesiona do Rzymu. Wsparł również projekty szerokich studiów nad historią zakonu w Hiszpanii (Astrain), Francji (Fouqueray), Anglii (Hughes), Niemczech (Duhr), Włoszech (Tacchi-Venturi), Belgii i Holandii (Poncelet), Portugalii, itd. Pod koniec swojego życia, po wyborze Piusa X, Martín musiał stawić czoła kryzysowi modernistycznemu. George Tyrrell, angielski jezuita, pomimo interwencji Generała został wydalony z zakonu i ekskomunikowany w 1906. Inni byli potępieni, choć nie wydaleni. Bollandyści znajdowali się również w kłopotach. Liczba jezuitów sukcesywnie wzrastała podczas jego rządów: od 13,274 na początku (1892) do 15,661 w 1906.
Cierpienie i śmierć Choć był słabego zdrowia z upływem lat jeszcze się ono pogarszało. W 1905, z powodu nowotworu amputowano mu prawą rękę. Papież Pius X zezwolił mu mimo to na odprawianie mszy, dyspensa ta była znakiem wielkiej życzliwości. Wkrótce nastąpiły przerzuty na płuca, co doprowadziło do śmierci 18 kwietnia 1906.