Podczas działalności w RAF Meinhof nie chciała zostawić opieki nad dziećmi ich ojcu Klausowi Rainerowi Röhlowi. Uważano, że z tego powodu zgodziła się je wysłać do palestyńskiego obozu dla sierot. Ostatnio okazało się, że jej życzeniem było oddanie dzieci pod opiekę siostry. W końcu dzieci zostały zabrane z sycylijskiej kryjówki i przekazane ojcu przez Stefana Austa.
Aresztowanie i proces Została aresztowana 15 czerwca 1972 w Langenhagen koło Hanoweru, po zamachu terrorystów na kwaterę główną sił amerykańskich w RFN. Od 16 czerwca 1972 do 9 lutego 1973 przebywała w areszcie w Kolonii. Została umieszczona w izolatce, a pobyt w areszcie nazwała „traktem śmierci” („Toter Trakt”). Przebywając tam, napisała manifest „List z traktu śmierci” („Brief aus dem Toten Trakt”), który udało się przeszmuglować na zewnątrz. Po jego rozgłoszeniu zdobyła kolejnych sympatykówAndreas Baader aresztowany, „Kronika XX wieku”, wyd. M.B. Michalik, Warszawa 1991, s. 1050.. 29 listopada 1974 została skazana na 8 lat kary pozbawienia wolności za zamach bombowy z 1972 na wydawnictwo Springera w Hamburgu. Umieszczono ją w zakładzie więziennym w Stammheim, mieszczącym się na przedmieściach Stuttgartu. Tam złączono ją z pozostałymi uwięzionymi członkami RAF.