Rządy Mortona przywróciły spokój w Szkocji. Katoliccy stronnicy Marii zostali pokonani. Wkrótce jednak wybuchł kolejny bunt magnatów, którym nie przypadły do gustu ambicje Mortona. Wprawdzie bunt został stłumiony, a czołowi buntownicy zginęli, jednak był to początek końca rządów Mortona. W 1579 r. król znalazł nowego faworyta – Esme Stewarta, mianowanego księciem Lennox. Stronnicy Lennoxa w 1581 r. oskarżyli Mortona o zamordowanie lorda Darnleya, doprowadzili do jego skazania na śmierć i ścięcia 2 lipca 1581 r. Król Jakub przejął samodzielne rządy.
Droga do angielskiego tronu Samodzielne rządy w Szkocji W pierwszych latach samodzielnych rządów wielki wpływ na Jakuba wywierał książę Lennox. Wzmogło to wśród poddanych podejrzenia o spisku z Francją i Hiszpanią w celu przywrócenia katolicyzmu w Szkocji. Aby uspokoić protestantów, w styczniu 1581 r. Jakub wydał krótkie i zasadnicze wyznanie prawdziwej chrześcijańskiej wiary i religii zgodnej ze Słowem Bożym i aktami naszych Parlamentów. Nie uspokoiło ich to jednak i w 1582 r. grupa możnych porwała Jakuba. Lennox uciekł do Francji. Król po roku uciekł z niewoli i wspólnie z Jakubem Stuartem, hrabią Arran, rozpoczął reformy kościelne.