Małżeństwo, zawarte w tak romantycznych okolicznościach, po niewiele ponad 20 latach de facto się rozpadło, chociaż nigdy nie nastąpił rozwód.

Jakub zabrał się za działalność prawodawczą – w 1592 r. uchwalono „Złoty Akt”, ograniczający nieco władzę króla nad Kościołem Szkocji na rzecz wybranych przez niego zgromadzeń. Wkrótce jednak polityka religijna uległa zmianie, gdyż protestancki kaznodzieja Melville rozpoczął głoszenie teorii o „dwóch królestwach” – głosiła ona, że w Szkocji są dwa królestwa i dwaj królowie – Jakub VI i jego królestwo oraz Jezus Chrystus i jego Królestwo. Król Jakub według doktryny był poddanym drugiego, boskiego królestwa (głupim wasalem Boga). Do Melville'a przyłączyli się duchowni uprawiający politykę z ambon, co szczególnie denerwowało Jakuba.

W 1597 r. stronnicy Jakuba zaproponowali wprowadzenie do Parlamentu 50-osobowej grupy szkockich prezbiterian, z których większą część miał mianować król. Wniosek przeszedł niewielką większością głosów. Wniosek nie zyskał większego poparcia ze strony duchowieństwa, które często oskarżało króla o tendencje absolutystyczne.