Wkrótce sytuacja pogorszyła się za sprawą religijnej polityki Karola I.

Próby reform religijnych mały|Portret konny Karola I Po swoim ojcu Karol odziedziczył chęć dalszych reform religijnych, mających połączyć ze sobą Kościoły Anglii i Szkocji i poddać je kontroli monarchy. Projekt miał jednak przeciwników. Sprzeciwiali mu się zarówno prezbiterianie w Szkocji, jak i purytanie w Anglii. Przeprowadzenie zmian w Kościele król powierzył arcybiskupowi Canterbury, Williamowi Laudowi. Ten rozpoczął od zmian w liturgii, upodabniając ją coraz bardziej do liturgii Kościoła katolickiego (zmiany te spodobały się zresztą papieżowi Urbanowi VIII, który zastanawiał się, czy nie nadać Laudowi godności kardynalskiej).

Na Wyspach reformy nie zostały dobrze przyjęte. Zmiany liturgiczne w połączeniu z wprowadzonym jeszcze przez Jakuba I systemem episkopalnym spotkały się z wrogą reakcją, zwłaszcza w Szkocji. Dlatego w 1637 roku, kiedy po wprowadzeniu reform w Kościele anglikańskim Laud zabrał się za wdrażanie ich w Kościele szkockim, jednak spotkał się ze zdecydowanym oporem szkockich prezbiterian. Fiaskiem skończyła się próba wprowadzenia w Szkocji Modlitewnika Powszechnego. W roku 1638 doszło do pierwszych poważnych konfliktów, kiedy Szkoci obalili system episkopalny i przywrócili demokratyczny system sprawowania władzy w swoim Kościele.