W 1646 r. Karol został dla bezpieczeństwa wysłany na wyspy Scilly, u wybrzeży Kornwalii, później zaś na wyspę Jersey w archipelagu Wysp Normandzkich. Następnie udał się do Francji, gdzie od pewnego czasu przebywała jego matka.
Po wybuchu drugiej wojny domowej w 1648 r. Karol udał się do Hagi, do swojego szwagra Wilhelma II Orańskiego, który bardziej niż Francuzi był skłonny popierać rojalistów. Karol przygotowywał flotę, na której czele chciał ruszyć do Anglii, ale klęska rojalistów pod Preston (sierpień 1648 r.), uczyniła tę ekspedycję bezcelową. Podczas pobytu w Hadze Karol nawiązał pierwszy ze swoich licznych romansów. Jego wybranką stała się Lucy Walter, pochodząca ze średniozamożnej walijskiej rodziny szlacheckiej. Niektóre źródła twierdzą, że Karol i Lucy wzięli sekretny ślub.
Król de iure Próby objęcia tronu Kiedy Karol przebywał we Francji, w 1647 r. jego ojciec został pojmany przez wojska Parlamentu. W 1649 r., kiedy Cromwell rozpędził Parlament, Karol został postawiony przed sądem i skazany na śmierć. Ścięto go 30 stycznia 1649 r. W oczach rojalistów jego syn stał się królem Karolem II. Karol nie posiadał jednak realnej władzy. W tym czasie Anglia została proklamowana republiką, a realna władza znalazła się w rękach Cromwella.