Innowiercy tracili prawo do sprawowania funkcji publicznych Act of Uniformity z 1662 r. wskazywał na Modlitewnik Powszechny (The Book of Common Prayer) jako najważniejszą książkę w liturgii. Ponad 1860 duchownych odmówiło takiego uznania, przez co zostali pozbawieni swych urzędów oraz prawa do głoszenia kazań, a wielu z nich wtrącono do więzienia. Najsłynniejszym męczennikiem dysydenckim z tego okresu jest John Bunyan. Conventicle Act z 1664 r. zakazywał zebrań wyznawców religii innych niż anglikanizm w liczbie większej niż 5 osób, które nie są członkami jednej rodziny. Five Mile Act z 1665 r. zakazywał duchownym, których pozbawiono urzędu, przebywania w odległości mniejszej niż 5 mil do swego dawnego kościoła.
Karol zrezygnował z większości uprawnień, które jego ojciec uznawał za przynależne władzy monarszej. Przyniosło mu to uznanie Parlamentu, który ofiarował królowi 1 200 000 funtów. Dla króla było to mało i każdego roku pobierał ze skarbu ogromne sumy. Aby zwiększyć dochody, powierzył George’owi Downingowi reformę zarządzania skarbem i zbierania podatków.