Sezon zakończyła na drugiej rundzie w Hasselt, odnotowując w sumie siedemnaście porażek.
Na przełomie roku 2005 i 2006 wystąpiła w Pucharze Hopmana razem ze swoim narzeczonym, Tomášem Berdychem. Czescy reprezentanci nie wyszli jednak z rozgrywek grupowych.
Przebojem otworzyła sezon 2006, wygrywając w australijskim Gold Coast. W ćwierćfinale zwyciężyła najwyżej rozstawioną Szwajcarkę Patty Schnyder, a w finale Włoszkę Flavię Pennettę. Po serii pierwszych i drugich rund dobry wynik odniosła dopiero w Amelia Island, kończąc swój udział na półfinale. Przy okazji dopisała do swojej listy zwycięstwo nad Vaidišovą. W dalszej części roku była w gronie czterech najlepszych zawodniczek turnieju jedynie w Palermo. W listopadzie sklasyfikowana na czterdziestym pierwszym miejscu w rankingu.