Podczas angielskiej wojny domowej przebywał w Oksfordzie. Po upadku miasta w 1646 r. został pojmany przez siły Parlamentu i umieszczony w St. James’s Palace. W 1648 r. udało mu się uciec i udał się na dwór swojego szwagra, Wilhelma II Orańskiego, do Hagi. W 1649 r. jego ojciec został ścięty, a starszy brat okrzyknięty królem Karolem II. Pretendent udał się do Szkocji, gdzie został koronowany i próbował najechać na Anglię, ale poniósł klęskę pod Worcester i musiał uciekać do Francji. Tam towarzyszył mu Jakub, który w 1652 r. rozpoczął służbę w armii francuskiej i odbył 4 kampanie pod dowództwem wicehrabiego de Turenne. W 1656 r. wstąpił do armii hiszpańskiej pod wodzą księcia Kondeusza. Brał udział w bitwie z oddziałami Olivera Cromwella pod Dunes 3 czerwca 1658 r., gdzie prowadził dwie nieskuteczne szarże przeciwko cromwellowskiej piechocie. Od 1649 r. był członkiem Tajnej Rady. 10 maja 1659 r. otrzymał tytuł hrabiego Ulsteru. 31 grudnia 1660 r. król Francji Ludwik XIV nadał mu francuski tytuł parowski księcia Normandii.