Karol nakazał bratu opuścić Anglię. Jakub udał się do Brukseli, gdzie przebywał do 1680 r., kiedy otrzymał nominację na Lorda Wysokiego Komisarza przy Parlamencie Szkocji. Zamieszkał wówczas w edynburskim Holyroodhouse.

W tym czasie angielscy protestanci próbowali pozbawić Jakuba prawa do sukcesji tronu. Anthony Ashley-Cooper, 1. hrabia Shaftesbury, przedstawił w Parlamencie projekt ustawy odsuwającej księcia Yorku od korony. Kandydatem protestantów był najstarszy syn Karola II z nieprawego łoża, James Scott, 1. książę Monmouth. Tzw. Exclusion Bill stał się podwaliną podziału angielskiej sceny politycznej. Popierający ustawę, zwani „Petycjonistami” (Petitioners), dali początek ugrupowaniu wigów (z których wykształciła się później Partia Liberalna), natomiast przeciwnicy ustawy, zwani „Oburzającymi się” (Abhorrers), dali początek partii torysów (z których wykształciła się później Partia Konserwatywna).