Jakub tymczasem zaczynał rządzić w sposób absolutny. Uchylił Habeas Corpus Act, ogłosił amnestię dla katolików, a w królewskim kościele jawnie odprawiano katolickie nabożeństwa. Aby zapobiec kolejnym rebeliom, Jakub zdecydował się wprowadzić stałą armię, ale napotkał sprzeciw Parlamentu. Pod koniec roku Jakub rozwiązał Parlament. Najważniejsze stanowiska w państwie otrzymali katolicy, a częstym gościem dworu królewskiego był nuncjusz papieski. Mocną pozycję na dworze miał spowiednik króla, jezuita Edward Petre. Na uniwersytety w Oksfordzie i Cambridge były wywierane naciski, aby zwiększyły dostęp do swoich uczelni dla katolików.
W 1687 r. Jakub wydał Deklarację o tolerancji religijnej (Declaration of Indulgence), w której uchylał działanie ustaw karnych w stosunku do katolików, nonkonformistów i dyssenterów piastujących urzędy państwowe. Deklaracja zapewniała im także wolność kultu. W 1688 r. król ogłosił drugą Deklarację o tolerancji. Tym razem ostro zaprotestował Kościół Anglikański. Złożona przez arcybiskupa Canterbury, Williama Sancrofta, petycja anglikańskich biskupów wywołała wściekłość króla.