Ze złożeniem przysięgi zwlekał Alastair Maclan, wódz bocznej gałęzi klanu MacDonaldów. Wykorzystali to jego wrogowie z klanu Campbell. 13 lutego 1692 r. 2 kompanie Pułku Piechoty Hrabstwa Argyll pod dowództwem Roberta Campella z Glenlyon dokonały masakry 37 członków klanu MacDonald w Glencoe (tzw. rzeź w Glencoe). Wieść o masakrze obiegła całą Szkocję, a dzięki działalności jakobitów całą Europę. Rząd w Londynie zaprzeczał powiązaniu masakry z królem Wilhelmem, ale niewielu w to uwierzyło. Masakra w Glencoe przyczyniła się do upadku prestiżu Wilhelma w Szkocji.
Ognisko oporu znajdowało się jeszcze w Irlandii. Ta w większości katolicka wyspa trwała wiernie przy domu Stuartów. 12 marca 1689 r. w Irlandii wylądował Jakub II, uzyskując szerokie poparcie wśród Irlandczyków. Sukcesy Jakuba zmusiły Wilhelma do działania. Już latem 1689 r. wysłał na wyspę posiłki pod wodzą księcia Schomberga. Książę pokonał oddziały Jakuba, ale dysponując mniejszymi siłami nie zdecydował się na pościg i wycofał się na zimę do Ulsteru. 25 czerwca 1690 r. do Ulsteru przybył Wilhelm i rozpoczął marsz na Dublin. Jakobici nie mogli sobie pozwolić na utratę tego ważnego miasta i postanowili przeciąć Wilhelmowi drogę nad rzeką Boyne.