Wkrótce po ślubie Maria wyjechała z mężem do Niderlandów. Małżeństwo to nie należało do szczęśliwych. Małżonkowie nie mieli razem dzieci, jej trzy ciąże zakończyły się poronieniami. Maria była oddana mężowi i cieszyła się popularnością wśród Holendrów. Jej mąż był człowiekiem zimnym i zamkniętym w sobie, początkowo zdradzał Marię nawet z jej damami dworu, później związek Wilhelma i Marii zacieśnił się.
Wstąpienie na tron W 1685 r. zmarł bezpotomnie król Karol II i ojciec Marii, Jakub, wstąpił na tron Anglii i Szkocji jako, odpowiednio, Jakub II i Jakub VII. Był on, jak już wspomniano, katolikiem i za jego rządów katolicy stanowili obsadę głównych urzędów państwowych. W 1687 i 1688 r. Jakub wydał Dekrety o tolerancji religijnej, które dawały równe prawa katolikom i przedstawicielom różnych innych wyznań chrześcijańskich. Te działania nie cieszyły się sympatią protestantów. Przeciwko Deklaracjom protestował Kościół anglikański, a protestanci (hrabia Argyll i książę Monmouth) próbowali w 1685 r. zbrojnie obalić króla Jakuba, ale bez powodzenia. Po upadku tych rebelii zaczęli swoje nadzieje wiązać z mężem Marii.