W 1990 r., w związku z budową kolejnego odcinka alei Prymasa Tysiąclecia, ekshumowano szczątki 2566 pochowanych na cmentarzu żołnierzy niemieckich, którzy m.in. zmarli w warszawskich szpitalach z ran odniesionych na froncie wschodnim i podczas walk w powstaniu warszawskim, i przeniesiono je na cmentarz wojenny w pobliżu wsi Joachimów-Mogiły.
W 1998 r. Rada Warszawy przywróciła nazwę „Cmentarz Wojskowy” funkcjonującą przed 1964 r.
Tak jak w przypadku pozostałych stołecznych cmentarzy komunalnych, rodziny zmarłych odznaczonych: Orderem Orła Białego, Orderem Wojennym Virtuti Militari, Orderem Krzyża Wojskowego oraz Honorowych Obywateli m.st. Warszawy są zwolnione z opłat za udostępnienie miejsca grzebalnego na Cmentarzu Wojskowym w celu utworzenia i zachowania grobu oraz za udostępnienie niszy urnowej w kolumbarium.
Kwatery Cmentarza Wojskowego na Powązkach Kwatera na Łączce
W tzw. kwaterze „Ł” (tzw. Łączce) potajemnie pochowane zostały osoby zamordowane przez funkcjonariuszy Urzędu Bezpieczeństwa w latach 1948–1954. Miejsce to znajduje się w pobliżu murów pomiędzy cmentarzem Wojskowym i komunalnym. W 2015 r.