W 1936, w trakcie ponownej agresji włoskiej na Abisynię, objął funkcję głównodowodzącego wojsk inwazyjnych po generale Emilio De Bono; zintensyfikował działania zbrojne, czego efektem było triumfalne wkroczenie do Addis Abeby 5 maja. Po kampanii otrzymał od króla Wiktora Emanuela III tytuł księcia Addis Abeby i został mianowany generalnym gubernatorem i wicekrólem Etiopii.
W 1940 był szefem sztabu generalnego. Przeciwny udziałowi Włoch w II wojnie światowej, po agresji na Grecję podał się do dymisji.
26 lipca 1943 mianowany premierem po zdymisjonowaniu Benito Mussoliniego przez króla. Wraz z rządem schronił się na południu kraju, kiedy Niemcy zaczęły okupować Włochy. Podpisał akt bezwarunkowej kapitulacji Włoch, a następnie wypowiedział wojnę III Rzeszy 13 października 1943. Premierem pozostał aż do wyzwolenia Rzymu w czerwcu 1944.
Pod naciskiem antyfaszystowskich polityków, niechętnych Badoglio ze względu na jego udział w budowaniu kolonialnego imperium Włoch, ustąpił ze stanowiska i przeszedł w stan spoczynku.