1 sierpnia 2019 został felietonistą wydawanego przez RAS-Polska dziennika „Fakt”, jednak już 8 sierpnia wydawca zawiesił z nim współpracę, co miało związek z krytyką podnoszoną przez część pracowników tabloidu, którzy sprzeciwiali się jego zatrudnieniu. W styczniu 2021 audycja Tomasz Lis, którą realizował dla „Newsweek Polska”, została zastąpiona przez przygotowywany przez niego autorski program pt. Świat_pl, dostępny w dwóch wersjach do wyboru (podcast lub videocast), który był udostępniany subskrybentom Newsweek.pl oraz Mediaklub.pl. Pierwszy odcinek ukazał się także na głównej stronie Onetu. 24 maja 2022 Ringier Axel Springer Polska poinformował o zakończeniu współpracy z Lisem.
10 marca 2023 założył kanał Tomasz Lis Oficjalnie na YouTube.
Zaangażowanie polityczne W związku ze spekulacjami wokół możliwości kandydowania w wyborach prezydenckich i niejasnymi deklaracjami samego dziennikarza (po trzech latach w wywiadzie dla Michała Iwanowskiego z „Gazety Lubuskiej” tłumaczył rezygnację ze startu w wyborach względami osobistymi) Lis został zawieszony przez władze TVN w obowiązkach redakcyjnych w Faktach. Następnie 10 lutego 2004 zwolniono go z pracy pod zarzutem niedotrzymania warunków umowy.