Również w 2000 roku Novy wziął udział w reaktywacji zespołu Maurycego „Mausera” Stefanowicza – Dies Irae. Efektem współpracy był album Immolated (2000).
W 2001 roku ukazał się trzeci i ostatni album Devilyn z Nowakiem w składzie, pt. Artefact. Rok później nagrał kolejną płytę wraz z formacją Behemoth zatytułowaną Zos Kia Cultus (Here and Beyond). Także w 2002 roku ukazała się druga płyta Dies Irae pt. The Sin War. W 2003 roku muzyk został usunięty ze składu Devilyn w wyniku nieporozumień z Łukaszem Luboniem. Również w 2003 roku Marcin Nowak przyjął ofertę Piotra Wiwczarka i dołączył olsztyńskiej formacji Vader, kończąc tym samym współpracę z zespołem Adam Darskiego – Behemoth. Następnie w 2004 roku uzupełnił skład thrash-deathmetalowej grupy Spinal Cord. Wraz z zespołem nagrał wydany tego samego roku album pt. Stigmata of Life. Także w 2004 roku wraz z amerykańskim zespołem Crucified Mortals zarejestrował minialbum pt. Converted by Decapitation oraz trzecią płytę wraz z Dies Irae – Sculpture of Stone.