Modernizacje mały|M62-684 zmodernizowana dla Grupy ZUE przez Pesę Brak lokomotyw dużej mocy wymusił na PKP Cargo powrót do lokomotyw tej serii. Jednocześnie ze względu na dużą moc i wysoką niezawodność lokomotywy te są wykorzystywane przez przewoźników prywatnych (import lokomotyw m.in. z Niemiec i Estonii). W marcu 2005 roku na LHS zostały dostarczone dwie przebudowane lokomotywy ST44, wykorzystujące silnik Caterpillar 3516B HDSC o mocy 2240 kW (ok. 3046 KM) oraz nową prądnicę główną niemieckiej firmy Lechmotoren. Modernizacja przeprowadzona została w zakładach Fablok w Chrzanowie, a zmodernizowane lokomotywy oznaczono ST44-3001 i ST44-3002. W zmodernizowanej wersji jest to najsilniejsza lokomotywa spalinowa eksploatowana przez PKP. W 2007 r. bydgoska PESA podpisała umowy z PKP Cargo i PKP LHS na modernizację łącznie 50 lokomotyw – główną zmianą było zainstalowanie bardziej ekonomicznych i mniej uciążliwych dla środowiska czterosuwowych silników typu 12CzN26/26 tego samego producenta o identycznej mocy i pojemności skokowej 150,6 dm³. Modernizacja nie obejmowała silników trakcyjnych ED118A. W 2011 roku PKP Cargo podpisało kolejną umowę na modernizację kolejnych 26 lokomotyw w zakładach PESA Bydgoszcz.