Największe dzieło, Panarion („Apteczka domowa”; )Zob. K. Holl, Epiphanius w: Griechische Christliche Schrifsteller der ersten drei Jahrhunderte (GChSch), 1,146n, Lipsk 1897n; PG 43, 232C i 234n, napisane zostało między rokiem 374 a 376. Autor opisał w nim 80 herezji, z których 20 należało do okresu przedchrześcijańskiego. Sama nazwa dzieła określa jego cel: zapobieganie herezjom lub leczenie duszy ze skutków ich jadu. Określenie herezji autor zaczerpnął ze źródłowych dzieł heretyków, przytaczając obszerne ich fragmenty. Dzięki temu ocalało wiele tekstów skazanych na zniszczenie. Również uratowało się w ten sposób wiele fragmentów chrześcijańskich pisarzy, jak np. wypisy greckie z Ireneusza czy Hipolita. Hieronim, który jako pierwszy zestawił w jednym dziele pisarzy chrześcijańskich, napisał o Epifaniuszu i jego głównym dziele w następujących słowach:
Ankyrotos („Zakotwiczony”; ), traktat napisany w 374 r. Głównym tematem jest nauka o Trójcy Świętej, szczególnie o Duchu Świętym i o wcieleniu i zmartwychwstaniu Chrystusa. Przedstawiając prawowierną naukę Kościoła o Trójcy Świętej, przeciwstawił się doktrynom Ariusza, Apolinarego z Laodycei, Orygenesa i Manesa, Marcjona i Sabeliusza.