Południowi Songowie znacząco rozbudowali flotę wojenną, by bronić swych granic morskich i śródlądowych, a także by móc prowadzić misje zagraniczne.
Broniąc się przed Jin, a później przed Mongołami, Songowie stworzyli nowe, rewolucyjne technologie wojenne, wśród których najważniejszym było użycie prochu strzelniczego. W 1234 państwo Jin podbili Mongołowie, którzy przejęli kontrolę nad całymi Chinami północnymi, utrzymując burzliwe relacje z południowymi Songami. Mongke, czwarty wielki chan Imperium mongolskiego, zmarł w 1259, oblegając Chongqing. Jego młodszy brat, Kubilaj, został ogłoszony nowym Wielkim Chanem, choć Mongołowie na Zachodzie uznali jego tytuł tylko częściowo. W 1271 Kubilaj ogłosił się cesarzem Chin. Po dwudziestu latach wojen przerywanych okresami pokoju, armie Kubilaja dokończyły podboju państwa Południowej dynastii Song w 1279. Chiny zostały ponownie zjednoczone, tym razem pod panowaniem mongolskiej dynastii Yuan (1271–1368).