Yuanowie nie zrezygnowali jednak z tytułu cesarza Chin. Spowodowało to nową wojnę z dynastią Ming, gdyż wedle zasad chińskiego legalizmu mógł być tylko jeden cesarz, zaś to właśnie Yuanowie w świetle prawa mieli prawa do tego tytułu. Wojska Mingów poniosły klęskę w Mongolii w latach 1372 i 1380. Jednak w 1388 Mingowie zadali Yuanom ostateczną klęskę, w wyniku której zrezygnowali oni z tytułu cesarskiego.
W roku 1402 chan Gun Timur oficjalnie zlikwidował nazwę dynastii. W 1403 Gun Timur został obalony przez swojego brata Oljei Timur, co zapoczątkowało okres walk dynastycznych i osłabienia państwa mongolskiego. W latach 1452–1455 zostali czasowo odsunięci od władzy przez wodza Ojratów Esena.
Stabilność państwa przywrócił panujący w latach 1479–1516 Dajan-chan. Po jego śmierci państwo mongolskie rozpadło się na kilka mniejszych ord. Potomkowie dynastii Yuan stali się wodzami plemienia Czacharów, choć formalnie nadal zachowali tytuł wielkich chanów i tytularną zwierzchność nad plemionami mongolskimi. Faktyczną władzę polityczną nad Mongolią zaczęli sprawować różni przywódcy plemienni (m.in. Altan-chan).