Wojska cesarskie utrzymały jednak kontrolę w rejonach Pekinu i Szanghaju i w 1856 roku przystąpiły do kontrnatarcia, ułatwionego przez wewnętrzne walki i rozłam w obozie tajpingów. W tym samym roku wybuchła również w północno-wschodnich Chinach II wojna opiumowa z Wielką Brytanią i Francją, przerwana traktatem w roku 1860. Toczenie walk w większości kraju nie było jednak możliwe wskutek pozostawania znacznych obszarów kraju pod władzą tajpingów. Tajpingowie kontrolowali część południowych i centralnych prowincji, lecz nie posiadali żadnych większych portów, które umożliwiałyby im kontakt i wsparcie z zewnątrz. W 1860 roku rozpoczęli oni nowy marsz na północno-wschodnie prowincje. Początkowo odnosili sukcesy i podjęli nawet próbę opanowania największego ośrodka gospodarczego Chin, Szanghaju. Zostali jednak odparci z dużymi stratami przez wojska cesarskie, wspierane przez kanonierki, artylerię i oddziały brytyjskie, francuskie oraz amerykańskie. Powstanie ostatecznie upadło w 1864 roku.