Kampania wiosenna 1652 Wiosną 1652 r. przebywając wraz z chorągwią na leżach, na rozkaz hetmana Kalinowskiego brał Sobieski udział w pacyfikowaniu buntów chłopskich i kozackich w Bracławskiem. Do obozu pod Batohem przybył prawdopodobnie 1 czerwca 1652 r.; jego obie chorągwie znajdowały się już w obozie. 2 czerwca 1652 r. wraz z kasztelanem czernihowskim Janem Odrzywolskim podczas bitwy pod Batohem na czele kilku chorągwi odpierał ataki Ordy. W chwili zatargu części chorągwi z hetmanem Kalinowskim był przy jego osobie i dostał się do niewoli tatarskiej. 3 czerwca 1652 r. został ścięty z większością polskich jeńców na rozkaz Bohdana Chmielnickiego. W wyniku intensywnych zabiegów jego zwłoki, wykupione przez matkę, zostały pochowane tymczasowo w kolegiacie w Żółkwi.
We wrześniu 1655 r. trumnę przeniesiono do ufundowanego przez Teofilę Sobieską kościoła dominikanów i umieszczono w krypcie pod ołtarzem kaplicy św. Dominika, a na ścianie wmurowano epitafium z portretem Sobieskiego. Na polecenie Jana III został Marek Sobieski upamiętniony nagrobkiem z czarnego marmuru z rzeźbami i elementami ornamentacyjnymi z białego stiuku, dłuta Andrzeja Schlutera, z portretem zmarłego w medalionie. W 1946 r.