Początkowo Hiszpan chciał być bramkarzem, na tej pozycji grał jego starszy brat. Mając siedem lat zaczął regularnie występować na pozycji napastnika w halowym zespole dziecięcym Mario’s Holland. Trzy lata później, w wieku 10 lat, trafił do Rayo 13, występującej w rozgrywkach drużyn składających się z jedenastu zawodników. Po sezonie, w którym strzelił 55 goli, Torres został jednym z trzech zawodników zespołu, którzy zostali wysłani na próbne testy do Atlético Madryt. Swoją grą zrobił wrażenie na skautach i w 1995, w wieku 11 lat, dołączył do klubu. Rok później Torres otrzymał ofertę przenosin do Realu Madryt, rywala Atlético, którą odrzucono.
Kariera klubowa Atlético Madryt thumb|upright|Torres w trakcie dyskusji z sędzią podczas meczu Atlético Trzy lata po przyjściu do drużyny, zwyciężył z zespołem w międzynarodowym turnieju U-15 Nike Cup. Po zakończeniu zawodów został uznany za najbardziej utalentowanego piłkarza Europy w swojej kategorii wiekowej. W 1999 otrzymał wartą 2 miliony euro ofertę przenosin do Valencii, którą odrzucono, a z zawodnikiem podpisano profesjonalny kontrakt z klauzulą sprzedaży za trzy miliony euro. Pierwszy rok gry spędził w młodzieżowym zespole, a następny sezon rozpoczął w Honour Divison. Rozgrywki zaczęły się dla niego pechowo, gdyż we wrześniu złamał nogę i pauzował do grudnia.