Gdy w Danii, Szwecji i Norwegii, krajach unii kalmarskiej, ogólne niezadowolenie z rządów Eryka doprowadziło do jego detronizacji, rada królestwa Danii zwróciła się do Krzysztofa o przyjęcie korony królewskiej i w 1439 r. przybył on do Danii zostając jej gubernatorem. W 1440 r. został koronowany na króla Danii jako Krzysztof III, w tym samym roku został królem Szwecji, a następnie, po pokonaniu oporu ostatnich zwolenników Eryka i zdławieniu powstania w Jutlandii (1441) został w 1442 roku koronowany na króla Norwegii. W roku następnym, po śmierci ojca, przejął rządy w Neumarkt in der Oberpfalz.
Objąwszy panowanie Krzysztof naprawił stosunki z miastami Hanzy zatwierdzając ich wcześniejsze przywileje, a także z Kościołem i władcą Holsztynu hrabią Adolfem VIII, któremu nadał w lenno księstwo Szlezwiku. Władza króla była mocno ograniczona, osłabiona koniecznością współpracy z możnymi rodami wszystkich trzech królestw, w tej sytuacji król w początkowym okresie swego panowania dążył do zachowania równowagi pomiędzy trzema królestwami, później wspierał dominację Danii, wspomagał też rozwój miast, zwłaszcza Kopenhagi. Doprowadził do ogłoszenia nowej kodyfikacji prawa szwedzkiego, tzw. "Kristoffers Landslag".