W tym samym roku firma organmistrzowska Edmunda Kamińskiego wybudowała 9 głosowe mechaniczne organy, zlokalizowane niedaleko prezbiterium.
11 czerwca 1987 roku bazylikę odwiedził Ojciec Święty Jan Paweł II II.
Od 1980 roku nad właściwym wyposażeniem wnętrza czuwał Roman Kostynowicz (najpierw proboszcz, później kustosz katedry). Pomagali mu administrator Waldemar Michałowski oraz późniejszy proboszcz Andrzej Offmański.
W latach 1980–1981 dach pokryto blachą miedzianą (firma Józefa Hermanowicza z Gorzowa), w latach 1982–1983 nastąpiło malowanie wnętrz (firma Antoniego Juszczaka z Poznania), w kolejnych latach wstawiono oszklenia witrażowego do sześciu okien (projekt Ireny Kisielewskiej, l. 1983-1990) i trzech kolejnych (projekt Wiktor Ostrzołek, l. 1990-1991). W latach 1982–1989 przedłużono prezbiterium i wyposażono je w ołtarz i stalle kanonickie oraz siedzisko biskupie (projekt Kazimierza Bieńkowskiego). W latach 1982–1989 kaplice Najświętszego Sakramentu, Chrzcielna i prezbiterium wyposażono w trzy zabytkowe tryptyki. W roku 1983 zbudowano dziewięciogłosowe organy boczne (firma Kamiński – Jacobi). W roku 1990 zaczęto tworzyć Muzeum Diecezjalne na emporze południowej bazyliki.