Ponadto liczba kapłanów prawosławnych w Polsce władających językiem ukraińskim była niedostateczna.
W 1954 metropolita zainicjował wydawanie rosyjskojęzycznego miesięcznika prawosławnego Cerkownyj wiestnik i sam został jego redaktorem odpowiedzialnym. Szczególną uwagę poświęcał również kształceniu duchowieństwa. Był współtwórcą Sekcji Teologii Prawosławnej na Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej. Po 1956 przygotował nowy program kształcenia dla prawosławnego seminarium duchownego w Warszawie, wprowadzając do programu nauczania język ukraiński.
W 1952 doprowadził do nowelizacji Statutu Parafialnego PAKP oraz Statutu Wewnętrznego Kościoła, zmierzając ku ścisłej centralizacji zarządzania Kościołem, jego reorganizacji według wzorów znanych metropolicie z Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Wprowadzone przez metropolitę Makarego zmiany doprowadziły do poważnego ograniczenia kompetencji biskupów diecezjalnych, którzy bez zgody metropolity nie mogli obsadzać stanowisk kościelnych w swoich diecezjach.