Liczne wątpliwości odnośnie do ostatecznego kształtu systemu czarnogórskiego spowodowały wycofanie się niektórych członków z prac nad standaryzacją, a także protesty językoznawców serbskich.
Kontrowersje i poparcie Na korzyść istnienia języka czarnogórskiego przemawiał znany profesor Dubravko Škiljan, pracujący na uczelniach w Lublanie i Zagrzebiu. W wywiadzie dla belgradzkiej gazety „Vreme”, na pytanie, jakie są różnice pomiędzy językiem serbskim i chorwackim, odpowiedział: „Tylko język czarnogórski ma typologiczne i systemowe warunki, aby być odrębnym językiem, ponieważ posiada odrębne głoski, odrębne fonemy”. Profesor Škiljan przywołał ś, ź, a według profesora Nikčevicia tych fonemów jest w sumie pięć: ś (w wyrazie śekira ‘siekiera’), ź (w wyrazie iźesti), dz (w wyrazie bidza), đ (w wyrazie đevojka ‘dziewczyna’) oraz ć (w wyrazie ćerati).
Język czarnogórski ma wiele typowych cech, które potwierdzają w pełni jego socjolingwistyczną tożsamość – w odróżnieniu od języka serbskiego, który jest ponadnarodowy: nie posiada żadnego systemowego elementu, o którym można by potwierdzić, że jest specyficznie serbski.