Po dokonanych przez NATO bombardowaniach terytorium FR Jugosławii, muzeum zdobyło wiele eksponatów, związanych z tym wydarzeniem. Najważniejsze są m.in. części amerykańskich myśliwców F-16 zestrzelonych przez jugosłowiańskich przeciwlotników. Czołowe miejsce w tej kolekcji zajmuje F-117 - jedyny zestrzelony przez nieprzyjaciela amerykański samolot o cechach obniżonej wykrywalności.
Lista eksponatów Samoloty o napędzie śmigłowym thumb|Samolot Messerschmitt Bf 109 w belgradzkim Muzeum Lotnictwa thumb|RQ-1 Predator thumb|Hawker Hurricane Mk IVRP w barwach jugosłowiańskich thumb|Jak-3 thumb|Polikarpow Po-2 thumb|Sikorsky S-55 Saric No I Nieuport 11 C.1 Bébé ZMaj Fizir FN Messerschmitt Bf 109 Junkers Ju 52/3m Junkers Ju 87 - w trakcie rekonstrukcji Focke-Wulf Fw 190F Fiat G.50 - w trakcie rekonstrukcji Fieseler Fi 156C Storch Bücker Bü 131 Jungmeister Hawker Hurricane Mk IVRP Spitfire LF Mk VC P-51 Mustang P-38 Lightning - w trakcie rekonstrukcji Republic P-47D Thunderbolt De Havilland Tiger Moth North American T-6 Texan Polikarpow Po-2 Jakowlew Jak-3 Jakowlew Jak-9P Iljuszyn Ił-2m Petliakow Pe-2 Li-2 Ikarus Aero 2 Ikarus 451 Ikarus S-49C Lola Utva 213 SOKO 522 Letov KB-6 Matajur Utva 65-S Privrednik Utva 66 SOKO J-20 Kraguj Douglas DC-3 Douglas C-47 Skytrain De Havilland Dove Ił-14P Short