We wrześniu 1942 r. Alvensleben objął dowództwo w sztabie ds. zwalczania partyzantów. W kwietniu 1943 r. raportował zlikwidowanie 3111 „bandytów”. Zostaje odznaczony Krzyż Zasługi Wojennej I klasy z Mieczami, pamiątkowym medalem „Krucjata przeciwko komunizmowi” oraz Tarczą Krymską.
Decyzją Himmlera w październiku 1943 r. obejmuje stanowisko wyższego dowódcy SS i policji na obszarze działania Grupy Armii „A”, co wiąże się z awansem na stopień gruppenführera SS i generała porucznika policji. Jego karierę przerwała ciężka choroba żołądkowa będąca wynikiem powikłań po niedawno przebytej błonicy. Trafił do Rzeszy na hospitalizację.
Po rekonwalescencji Himmler mianował go na początku 1944 r. wyższym dowódcą SS i policji w IV Okręgu Wojskowym – okręgu Łaby. W tym samym roku otrzymał awans na stopień generała porucznika SS i policji. Znajdował czas aby zająć się odzyskaniem rodzinnego zamku Schochwitz, który jego zadłużona rodzina była zmuszona wydzierżawić go rodzinie Wentzel. Aby uniknąć spłaty zobowiązań posunął się do denuncjacji i oskarża Carla Wentzela o zdradę Rzeszy. Po zamachu Clausa von Stauffenberga na Hitlera Wentzel został skazany przez Trybunał Ludowy na karę śmierci. 16 stycznia 1945 r. Alvensleben objął rodzinne dobra.