Część cmentarza, ok. 1/4 powierzchni, w 1942 roku zniwelowali spychaczami przy budowie linii kolejowej Niemcy, bezpardonowo niszcząc znajdujące się tam nagrobki.
Największe zniszczenia spowodowała jednak rozbudowa ulicy Telewizyjnej (obecnie Powstańców Śląskich) w latach 70. Zabytkowe nagrobki miały zostać przeniesione na nowy cmentarz przy ul. Wapiennej lub do górnej pozostającej części starego cmentarza. Przenoszone szczątki na starym cmentarzu chowano bez jakiejkolwiek dokumentacji pod najtańszymi lastrikowo-betonowymi nagrobkami. Bezpowrotnie zniszczono zabytkowy układ i charakter cmentarza. Mimo protestów konserwatora zabytków inwestor budujący nową drogę nigdy nie zrekonstruował np. neogotyckiej kaplicy grobowej rodziny Cieślików z 1888 roku, do czego zobowiązany był w podpisanej umowie.
Do dziś przetrwało zaledwie 38 arów starego cmentarza podgórskiego, który w 1900 roku liczył 1,5 ha powierzchni.
W 2008 roku stary i nowy cmentarz Podgórski zostały wpisane do Association of Significant Cemeteries in Europe (ASCE), czyli stowarzyszenia skupiającego najważniejsze cmentarze w Europie.