Nominalnie włodarze UFC chcieli zestawić El Guapo z Randym Couture o tytuł mistrza wagi ciężkiej, lecz w tamtym okresie Couture zerwał kontrakt z UFC i odszedł z organizacji. Tytuł został odebrany Couturowi, a w walce eliminacyjnej zmierzył się z Japończykiem Tsuyoshi Kohsaką. 8 stycznia 1999 na gali UFC 18 Rutten pokonał rywala nokautując go na minutę przed końcem walki.
W walce o tytuł zmierzył się z zapaśnikiem Kevinem Randlemanem 7 maja na UFC 20. Ostatecznie po 21 minutach pojedynku sędziowie niejednogłośnie ogłosili zwycięstwo Ruttena, który został mistrzem UFC w wadze ciężkiej oraz pierwszym Europejczykiem, któremu udała się ta sztuka. Rutten po czasie zwakował tytuł, schodząc wagę niżej, do średniej (-93 kg, aktualnie półciężka), gdyż była to kategoria bliższa jego naturalnej wagi ciała. Chciał również tym sposobem zostać mistrzem w dwóch kategoriach wagowych. Podczas jednego treningów uległ poważnej kontuzji kolana, a w późniejszym czasie zerwania bicepsu, po czym na wiele lat wycofał się z czynnego współzawodnictwa.
W 2006 powrócił na ring i stoczył wygraną walkę dla organizacji WFA przeciwko Rubenowi Villarealowi. Była to jego ostatnia walka w karierze.