przystał jednak na żądania cesarza rok później i ekskomunikował Ariberta. Przewodził dwóm lub trzem synodom i nadał przywileje wielu kościołom i klasztorom, a także scentralizował Kurię Rzymską. Nalegał na Brzetysława, księcia Czech, by ten znalazł odpowiednie miejsce, w którym by mogło spocząć ciało św. Wojciecha po zabraniu go z Polski. Po śmierci Konrada II, królem Niemiec został Henryk III, z którym Benedykt pozostawał w dobrych stosunkach do 1044 roku, kiedy to przywrócił biskupstwu w Grado status patriarchatu.
W wyniku rosnącego niezadowolenia, w 1044 wybuchło powstanie przeciw Benedyktowi, które zmusiło go do opuszczenia miasta. Rywalizujący z hrabiami Tusculum, ród Krescencjuszy wprowadził 20 stycznia 1045 roku na Tron Piotrowy biskupa Jana z Sabiny. Ponieważ Benedykt nie został oficjalnie złożony z urzędu, Sylwester III jest niekiedy uważany za antypapieża.
Drugi pontyfikat Natychmiast po elekcji Sylwestra, Benedykt IX ekskomunikował go jako uzurpatora i 10 marca wygnał go z Rzymu, samemu zajmując Lateran. Jednak już dwa miesiące później abdykował, na rzecz swojego ojca chrzestnego Jana Gracjana.