Mając już pewne doświadczenie w pracy na rzecz ubogich, 13 października 1900 Brat Albert CFA mianował ją przełożoną Miejskiego Domu Kalek. W domu tym przebywało wówczas osiem sióstr albertynek, cztery postulantki i około 100 chorych. Niespełna dwa lata później 7 kwietnia 1902 Brat Albert CFA powierzył jej w obecności zebranych sióstr urząd przełożonej generalnej Zgromadzenia Sióstr Posługujących Ubogim, w którym było wówczas 39 sióstr pracujących w pięciu przytuliskach i jednej pustelni. Jako przełożona zajmowała się rozwojem wspólnoty, formacją młodych sióstr, prowadzeniem postulatu i nowicjatu. W sierpniu 1902 jej siedzibę oraz nowicjat albertynek przeniesiono na Kalatówki. Pobyt na Kalatówkach należał do najpiękniejszych i najszczęśliwszych chwil jej życia. Tam wśród tatrzańskiej przyrody spod jej pióra wyszły liczne, pełne głębokich przemyśleń rozważania mistyczne. Notatki te Maria Winowska nazwała perłą mistyki chrześcijańskiej.