Po powrocie do Legii ówczesny trener nadal nie obdarzał go zaufaniem i wpuszczał jedynie na końcówki spotkań. Zmiana nastąpiła, gdy w Legii został zatrudniony Dragomir Okuka. Magiera wrócił do składu i pomógł swojej drużynie zdobyć w sezonie 2001/2002 mistrzostwo Polski wraz z Pucharem Ligi. Magiera przez kolejne lata był ważnym ogniwem drużyny, a jego sytuacja zmieniła się po objęcia funkcji trenera przez Dariusza Wdowczyka, który po rundzie jesiennej sezonu 2005/2006 zrezygnował z usług Magiery, wypożyczając go do grającego w III lidze Rakowa Częstochowa. Ze względu na jesienne występy w stołecznej drużynie Magierze został przyznany tytuł mistrza Polski 2006.
W barwach Legii rozegrał (wliczając rozgrywki Ekstraklasy, Pucharu Polski, Pucharu Ligi, Superpucharu i europejskich pucharów) 232 mecze i strzelił 19 goli.
Od początku sezonu 2006/2007 występował w Cracovii, zachęcony przez ówczesnego trenera krakowskiej drużyny – Stefana Białasa. Po kilku meczach w sezonie 2006/2007 rozwiązał kontrakt z klubem. Po rundzie jesiennej sezonu 2006/2007 zakończył karierę piłkarską i rozpoczął ścieżkę trenerską. W środowisku piłkarskim nosił przydomek „Magic”. Przez większość kariery (podczas występów w Legii Warszawa) występował z numerem 18 na koszulce.