22 września 2016 rozwiązał tenże kontrakt za porozumieniem stron.
Legia Warszawa 24 września 2016 został trenerem Legii Warszawa. W pierwszym sezonie poprowadził Legię w pięciu meczach Ligi Mistrzów, zajmując z klubem trzecie miejsce w fazie grupowej, zapewniające grę w fazie play-off Ligi Europy. 4 czerwca 2017 zdobył pierwsze w swojej trenerskiej karierze trofeum, sięgając z Legią po mistrzostwo Polski.
13 września 2017 został zwolniony z funkcji trenera Legii Warszawa, co tłumaczono m.in. odpadnięciem drużyny w trzeciej rundzie eliminacji Ligi Mistrzów, gdzie stołeczny klub okazał się gorszy od FK Astana, a w dwumeczu o fazę grupową Ligi Europy odpadł z mołdawskim Sheriffem Tyraspol.
Praca w PZPN i młodzieżowych reprezentacjach Polski 13 grudnia 2017 został zastępcą dyrektora sportowego ds. rozwoju piłki młodzieżowej w Polskim Związku Piłki Nożnej.
W marcu 2018 został selekcjonerem młodzieżowej reprezentacji Polski U20. Poprowadził ją na Mistrzostwach Świata U20 2019, na których Polska trafiła do grupy A. Drużyna Magiery po porażce z Kolumbią (0:2), wysokiej wygranej z Tahiti (5:0) i remisie z Senegalem (0:0) awansowała do fazy pucharowej z trzeciego miejsca w grupie.