Po wielu zawieruchach na podłożu finansowym Fat Joe ostatecznie zmienia swoją wytwórnię z dotychczasowego Relativity na Atlantic Records. W roku 1998 wychodzi wydawnictwo zatytułowane Don Cartagena. Na album bity przygotowali między innymi: L.E.S., Mack 10, Marley Marl, Psycho Les i DJ Premier. Omawiając dzieło z 1998 roku, warto również dodać, że poza pracami nad swoim solowym albumem Fat Joe zajmował się także albumem swojego przyjaciela Big Puna, do którego poza zwrotkami do dwóch utworów dołożył bit, który stanowił podkład 10. ścieżki Big Puna, mianowicie „Twinz (Deep Cover 98)”.
Pochodząca z 2001 roku płyta, zatytułowana Jealous Ones Still Envy (J.O.S.E.), to 18-ścieżkowe wydawnictwo, w większości wyprodukowane przez Irv Gottiego, Rockwildera, Binka, Buckwilda, oraz The Alchemista. Zawiera również gościnne zwrotki kojarzących się z mainstreamem wykonawców, jak Ludacris, Petey Pablo, M.O.P., R. Kelly i Remy Ma.
Fat Joe wyróżnił się na kolejnym wydawnictwie zatytułowanym Loyalty. Jak na większości solowych albumów tego artysty, tak i tym razem na bicie można usłyszeć Buckwilda, Rona Brownza i Armageddon, jednak największą część muzyki wyprodukował duet Cool & Dre.