W 1977 r. Muzeum rozszerzyło się na odrestaurowany budynek przyległy do Żurawia zwany Składem Kolonialnym. W 1981 Muzeum przejęło parowiec Sołdek, pierwszy statek pełnomorski zbudowany po II wojnie światowej w Polsce, a w 1982 r. – Dar Pomorza – żaglowiec, będący wcześniej statkiem szkolnym Wyższej Szkoły Morskiej w Gdyni. W 1984 r. otwarto kolejny oddział – Muzeum Wisły w Tczewie. Od 1989 r. Muzeum przejmowało odrestaurowane spichrze na Ołowiance, będącej dawniej centrum gdańskiego portu. W 2010 r. Muzeum zostało odznaczone Srebrnym Medalem „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”. W 2012 r. na miejscu dawnego budynku Składu Kolonialnego wybudowano Ośrodek Kultury Morskiej – kolejny oddział Muzeum. W grudniu 2013 nazwa Muzeum została zmieniona na Narodowe Muzeum Morskie w Gdańsku. W 2016 otwarto kolejny oddział – Centrum Konserwacji Wraków Statków w Tczewie, w sąsiedztwie Muzeum Wisły.
Dyrektorzy dr hab. Przemysław Smolarek (1962–1991) doc. dr hab. Andrzej Zbierski (1991–2001) dr inż.