W tej pracy wykazywał dużo gorliwości i poświęcenia.
thumb|Zduny (powiat łowicki) — epitafium w kościelePo wybuchu II wojny światowej pozostał we Włocławku i prowadził rekolekcje, organizował nabożeństwa, spowiadał. 7 listopada w mieście Niemcy przeprowadzili masowe aresztowania księży. Ojciec Franciszek, a z nim i ks. Henryk Demrych, zostali również aresztowani. W więzieniu znajdowało się już 43 innych księży i kleryków z ks. bp. Michałem Kozalem na czele. 16 stycznia zostali oni przewiezieni do miejsca odosobnienia w Lądzie, gdzie księża salezjanie mieli swój konwent, zamieniony przez władze okupacyjne na więzienie dla duchownych. Przed wywiezieniem w głąb Niemiec do niemieckiego nazistowskiego obozu koncentracyjnego KL Dachau, ojciec Franciszek nie skorzystał z możliwości zwolnienia wyrażając wolę pracy wśród uwięzionych. 15 grudnia trafił do obozu Dachau jako numer 22666. Dostał się do pracy na plantacji ziół. Z powodu silnych odmrożeń kończyn, z niedożywienia i ciężkiej pracy fizycznej jego organizm doprowadzony został do stanu głębokiego wycieńczenia.