Transformacja i lata 90. Po transformacji ustrojowej spółka zmieniła model biznesowy, koncentrując działalność handlową na terenie lotnisk oraz w strefach wolnocłowych (duty-free). W latach 90. spółka uruchomiła swoje sklepy na lotniskach: Warszawa-Okęcie (1993), Gdańsk (1994), Katowice (1996), Kraków (1998), Poznań (1999).
Ekspansja zagraniczna i zmiany właścicielskie (2000–2020) W 2010 inwestorem strategicznym spółki została Ashdod Holdings Limited – spółka zależna firmy Flemingo International zarejestrowanej na Wyspach Dziewiczych, z siedzibą w Dubaju, wyspecjalizowana w sprzedaży wolnocłowej w portach lotniczych.
W czerwcu 2011 roku akcje spółki zadebiutowały w alternatywnym systemie obrotu NewConnect. Półtora roku później, 15 stycznia 2013 roku, notowania przeniesiono na rynek główny Giełdy Papierów Wartościowych w Warszawie.
W kolejnych latach Baltona rozwijała sieć sklepów duty-free i flagowy koncept handlowy w terminalach lotniskowych w Polsce i za granicą (we Francji, Włoszech, Estonii, Niemczech, Holandii, Belgii i na Ukrainie).