W drugiej połowie lat 80. rozpoczęto szeroko zakrojoną modernizację zaplecza stacji. Dotychczasowy obiekt stołówki pracowniczej PKP rozebrano pod rozbudowę zakładowej przychodni zdrowia. Za stacją wzniesiono obiekt planowany jako noclegownia drużyn konduktorskich, ostatecznie zagospodarowany jako hotel.
Planowano budowę nowej lokomotywowni (w miejscu rozebranego wówczas starego obiektu) i pasażerskiej stacji postojowej. Planów nie zrealizowano.
Po 1989 r. Od 1988 roku na Dolnym Śląsku trwała systematyczna likwidacja ruchu na liniach kolejowych uznanych przez PKP za nierentowne.
Z dniem 3 kwietnia 2000 roku Polskie Koleje Państwowe zawiesiły połączenia pasażerskie na 1028,5 km linii kolejowych. Oprócz niedostatecznej rentowności jako przyczynę likwidacji połączeń PKP wskazywały pogłębiającą się niewydolność modelu ograniczonego dotowania kolei wyłącznie z budżetu centralnego i finansowania połączeń pasażerskich przez PKP wpływami z przewozów towarowych. Ze stacji Jelenia Góra zlikwidowano wówczas pociągi pasażerskie do Karpacza.
Pozostałe połączenia w węźle jeleniogórskim w kolejnych latach były ograniczane.